3月29日，中国科学院北京生命科学研究院赵方庆研究员应邀做客第25期生物医学与健康前沿论坛，报告在农业微生物资源发掘与利用全国重点实验室D座C605会议室进行，陈振夏教授主持报告。
赵方庆研究员，讲述了他们团队首次提出基于微生物互作网络的新算法NetMoss，实现高效整合大规模菌群数据，以及精准识别疾病相关标识物的科研故事。作为一个非常复杂的生态系统，肠道菌群对于机体免疫代谢的调节，以及疾病发生发展的机制至今仍处于研究的初级阶段。微生物丰度与稳定表达的基因不同，个体间差异巨大，有些微生物甚至在某些个体中不存在。用“丰度”作为指标分析微生物的测序数据可能并不准确。而通过构建微生物互作网络，保留了每一个子数据集最原始的生物互作信息，通过进一步的整合，可以基于更庞大的数据进行生物标记物的挖掘。
接下来，赵方庆汇报于2023年4月发表在Nature Protocols 上发表题为：Full-length circular RNA profiling by nanopore sequencing with CIRI-long 的研究论文，建立了环形RNA全长转录本解析和高效挖掘的技术体系。该技术可以实现对不同长度环形RNA全长结构的直接测定，可应用于多种组织与细胞样本，颇具应用前景。
最后，赵老师表示他们首次建立了胞外小囊泡异质性追踪算法SEVtras，并提出胞外小囊泡分泌活性指标，从细胞外尺度刻画了不同类型细胞的生理活动状态。经过多重实验验证及单细胞组学数据评估，SEVtras被证明可以有效识别单细胞数据中的胞外小囊泡并准确度量其分泌活性。
报告结束后，赵方庆研究员与在场师生展开了热烈讨论。
【报告人简介】赵方庆，博士生导师，中国科学院北京生命科学研究院研究员。主要致力于建立高效的算法模型和实验技术，探索人体微生物与非编码RNA的结构组成与变化规律，以期解析它们与人类健康和疾病的关系。近年来，在Cell、Gut、Nature Biotechnology、Nature Methods、Nature Computational Science等刊物上发表通讯作者论文90余篇。
